Windows 的控制台是可以在“属性”界面里设置终端窗口的行数、列数以及显示缓冲的。
Windows Terminal 因为接管了窗口状态，所以隐藏了控制台的“属性”界面。但控制台里运行的程序调用相关 API 一样可以完成这些设置，比如系统自带的 mode 命令。Windows Terminal 显然没考虑这个问题。
如果控制台程序设置了比当前窗口大或者小的终端窗口行数，终端显示就会不正常。比如执行 mode 命令设置一个较大的 LINES，cls 后命令提示符就会消失，要敲一下回车才会显示。而如果一个较小的 LINES，cls 命令就只会清除上半部分屏幕。
如果要解决这个问题，就需要控制台子系统检测自身是否在 Windows Terminal 里，以区分对待；或者 Windows Terminal 根据终端窗口当前状态实时调整自己的大小。前者不太可能，要让 OS 团队去迁就一个 UWP 团队，简直白日做梦。而后者对 Windows Terminal 这种多分页工具来说也是不可接受的。
所以我估计这个问题不会得到解决。